Kisah The Empire of Corpses terjadi di Eropa abad ke-19, dan berputar di sekitar John Watson. Dia dibina oleh pemerintah untuk menjadi agen rahasia- Namun, Watson tinggal di dunia di mana “Frankenstein” – mayat manusia yang dirancang ulang dengan jiwa palsu untuk menggunakannya sebagai buruh – digunakan untuk meningkatkan perkembangan industri.