Ini pertengahan Desember, dan kepala Brigade SOS Haruhi Suzumiya mengumumkan bahwa Brigade akan mengadakan pesta Natal di ruang klub mereka, dengan hotpot Jepang untuk makan malam. Para anggota brigade Kyon, Yuki Nagato, Mikuru Asahina dan Itsuki Koizumi mulai mempersiapkan segalanya untuk pesta itu, seperti kostum dan dekorasi. Tetapi beberapa hari kemudian, Kyon tiba di sekolah hanya untuk menemukan bahwa Haruhi hilang. Tidak hanya itu, tetapi Mikuru mengklaim dia tidak pernah mengenal Kyon sebelumnya, Koizumi juga hilang, dan Yuki telah menjadi satu-satunya anggota klub sastra. Brigade SOS tampaknya tidak pernah ada, juga Haruhi Suzumiya. Tidak ada seorang pun di sekolah yang pernah mendengar tentang dia … kecuali Kyon.