Laksamana James T. Kirk merasa tua; prospek menemani kapal lamanya Enterprise dalam perjalanan kadet dua minggu tidak membuatnya merasa lebih muda. Tetapi pelayaran pelatihan menjadi perjuangan hidup atau mati ketika Khan melarikan diri dari pengasingan bertahun-tahun dan menangkap kekuatan ciptaan itu sendiri.