40 tahun yang lalu, seorang Celebi diserang oleh Pemburu Pokemon. Untungnya, seorang anak muda bernama Yukinari menyelamatkan Celebi. Menggunakan kekuatan Time Travelling-nya, Celebi membawa dirinya sendiri dan Yukinari 40 tahun ke depan. Di sana, Satoshi, Kasumi, dan Takeshi membantu Yukinari ke danau penyembuhan di hutan sehingga mereka dapat menyembuhkan Celebi yang terluka. Sayangnya anggota Team Rocket yang jahat, Vicious, mencoba menangkap Celebi menggunakan teknologinya. Ketika Satoshi dan Co. mencoba menjauh dari Vicious, mereka juga bertemu dengan Musashi, Kojiro, dan Nyarth, yang juga ingin menangkap Celebi. Segera menjadi perlombaan melawan waktu untuk mendapatkan Celebi dan Yukinari kembali ke hutan sebelum Celebi ditangkap dan digunakan untuk menghancurkan hutan dan diri mereka sendiri.