Setelah serangan Godzilla sebelumnya, perlombaan senjata miniatur terjadi untuk mengumpulkan sel-selnya. Khawatir dengan kemungkinan kembalinya Godzilla, pemerintah Jepang menggunakan sel-sel untuk membuat bio-senjata baru, ANEB (Bakteri Energi Anti-Nuklir). Mereka mencari bantuan ahli genetika Genshiro Shiragami, yang eksperimennya menghasilkan mutasi baru.