Film ini dibuat di atas kapal Aegis yang canggih dengan kerja sama penuh dari Departemen Pertahanan dan Pasukan Bela Diri Jepang di kehidupan nyata. Mayat anggota Pasukan Bela Diri telah ditemukan – minus lengan kiri – dan mata-mata telah menyusup ke kapal Aegis. Pahlawan wanita Ran ditempatkan dalam bahaya, dan Conan dipaksa untuk melawan Spy “X” yang berbahaya.